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Le coronavirus pourrait être une «chimère» de deux virus différents.

Alors que le nombre d’articles scientifiques sur le coronavirus (Covid-19) est en augmentation, il existe encore de nombreuses zones d’ombre quant à ses origines.

En l’espace de quelques semaines, nous avons tous beaucoup appris sur COVID-19 et le virus qui en est la cause: SARS-CoV-2. Mais il y a également eu beaucoup de rumeurs.

Et tandis que le nombre d’articles scientifiques sur ce virus augmente, il existe encore de nombreuses zones grises quant à ses origines.

Dans quelle espèce animale est-ce apparu? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage? D’où est ce que ça vient? D’une grotte ou d’une forêt dans la province chinoise du Hubei, ou ailleurs?

En décembre 2019, 27 des 41 premières personnes hospitalisées (66%) sont passées par un marché situé au cœur de la ville de Wuhan dans la province du Hubei. Mais, selon une  étude menée à l’hôpital de Wuhan , le tout premier cas humain identifié n’a pas fréquenté ce marché.

Au lieu de cela,  une estimation de datation moléculaire basée sur les séquences génomiques du SRAS-CoV-2  indique une origine en novembre. Cela soulève des questions sur le lien entre cette épidémie de COVID-19 et la faune.

Données génomiques

Le  génome du SRAS-CoV-2 a  été rapidement séquencé par des chercheurs chinois. Il s’agit d’une   molécule d’ ARN d’environ 30 000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l’enveloppe virale (à titre de comparaison, notre génome se présente sous la forme d’une double hélice d’ADN d’environ 3 milliards de bases de taille et contient environ 30 000 gènes).

Des analyses génomiques comparatives   ont montré que le SRAS-CoV-2 appartient au groupe des  bétacoronavirus  et qu’il est très proche du  SRAS-CoV , responsable d’une épidémie de pneumonie aiguë qui est apparue en novembre 2002 dans la province chinoise du Guangdong puis s’est propagée à 29 pays en 2003.

Au total, 8 098 cas ont été enregistrés, dont 774 décès. On sait que les chauves-souris du genre  Rhinolophus  (potentiellement plusieurs espèces de grottes) étaient le  réservoir de ce virus  et qu’un petit carnivore, la civette des palmiers ( Paguma larvata ), aurait pu servir d’  hôte intermédiaire  entre les chauves-souris et les premiers cas humains.

Depuis, de nombreux  bétacoronavirus  ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l’homme. Par exemple, RaTG13, isolé d’une chauve-souris de l’espèce  Rhinolophus affinis  collectée dans la province chinoise du Yunan, a récemment été décrit comme très similaire au SARS-CoV-2, avec des  séquences génomiques identiques à 96 pour cent .

Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre  Rhinolophus , constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.

Mais comment définissez-vous un réservoir? Un réservoir est une ou plusieurs espèces animales peu ou pas très sensibles au virus, qui hébergeront naturellement un ou plusieurs virus.

L’absence de symptômes de la maladie s’explique par l’efficacité de leur système immunitaire, ce qui leur permet de lutter contre trop de prolifération virale.

Mécanisme de recombinaison

Le 7 février 2020, nous avons appris qu’un virus encore plus proche du SRAS-CoV-2 avait été découvert dans le pangolin. Avec 99 pour cent de  la concordance génomique signalée , cela suggère un réservoir plus probable que les chauves-souris.

Cependant, une  étude récente à l’étude  montre que le génome du coronavirus isolé du pangolin malaisien ( Manis javanica ) est moins similaire au SRAS-Cov-2, avec seulement 90% de concordance génomique. Cela indiquerait que le virus isolé dans le pangolin n’est pas responsable de l’épidémie de COVID-19 qui fait actuellement rage.

Cependant, le coronavirus isolé du pangolin est similaire à 99% dans une région spécifique de la protéine S, ce qui correspond aux 74 acides aminés impliqués dans le domaine de liaison du récepteur ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2), celui qui permet au virus d’entrer les cellules humaines pour les infecter.

En revanche, le virus RaTG13 isolé de la chauve-souris  R. affinis  est très divergent dans cette région spécifique (seulement 77% de similitude). Cela signifie que le coronavirus isolé du pangolin est capable d’entrer dans les cellules humaines alors que celui isolé de la chauve-souris  R. affinis  ne l’est pas.

De plus, ces comparaisons génomiques suggèrent que le virus SARS-Cov-2 est le résultat d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche du virus pangolin. En d’autres termes, c’est une chimère entre deux virus préexistants.

Ce mécanisme de recombinaison avait  déjà été décrit  chez les coronavirus, notamment pour expliquer l’origine du SRAS-CoV. Il est important de savoir que la recombinaison conduit à un nouveau virus potentiellement capable d’infecter une nouvelle espèce hôte.

Pour que la recombinaison se produise, les deux virus divergents doivent avoir infecté le même organisme simultanément.

Deux questions restent sans réponse: dans quel organisme cette recombinaison s’est-elle produite? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce?) Et surtout, dans quelles conditions cette recombinaison a-t-elle eu lieu? 

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